GENETIC_CODE from Biostrings extended by codon number and number of syn sites.

codon2number(codon)

Arguments

codon

codon [mandatory]

Value

An object of class numeric

See also

Author

Kristian K Ullrich

Examples

GENETIC_CODE_TCAG
#>     CODON GENETIC_CODE CODON_NUMBER SYN_SITES
#> TTT   TTT            F            1         1
#> TTC   TTC            F            2         1
#> TTA   TTA            L            3         2
#> TTG   TTG            L            4         2
#> CTT   CTT            L            5         3
#> CTC   CTC            L            6         3
#> CTA   CTA            L            7         4
#> CTG   CTG            L            8         4
#> ATT   ATT            I            9         2
#> ATC   ATC            I           10         2
#> ATA   ATA            I           11         2
#> ATG   ATG            M           12         0
#> GTT   GTT            V           13         3
#> GTC   GTC            V           14         3
#> GTA   GTA            V           15         3
#> GTG   GTG            V           16         3
#> TCT   TCT            S           17         3
#> TCC   TCC            S           18         3
#> TCA   TCA            S           19         3
#> TCG   TCG            S           20         3
#> CCT   CCT            P           21         3
#> CCC   CCC            P           22         3
#> CCA   CCA            P           23         3
#> CCG   CCG            P           24         3
#> ACT   ACT            T           25         3
#> ACC   ACC            T           26         3
#> ACA   ACA            T           27         3
#> ACG   ACG            T           28         3
#> GCT   GCT            A           29         3
#> GCC   GCC            A           30         3
#> GCA   GCA            A           31         3
#> GCG   GCG            A           32         3
#> TAT   TAT            Y           33         1
#> TAC   TAC            Y           34         1
#> TAA   TAA            *           35         2
#> TAG   TAG            *           36         1
#> CAT   CAT            H           37         1
#> CAC   CAC            H           38         1
#> CAA   CAA            Q           39         1
#> CAG   CAG            Q           40         1
#> AAT   AAT            N           41         1
#> AAC   AAC            N           42         1
#> AAA   AAA            K           43         1
#> AAG   AAG            K           44         1
#> GAT   GAT            D           45         1
#> GAC   GAC            D           46         1
#> GAA   GAA            E           47         1
#> GAG   GAG            E           48         1
#> TGT   TGT            C           49         1
#> TGC   TGC            C           50         1
#> TGA   TGA            *           51         1
#> TGG   TGG            W           52         0
#> CGT   CGT            R           53         3
#> CGC   CGC            R           54         3
#> CGA   CGA            R           55         4
#> CGG   CGG            R           56         4
#> AGT   AGT            S           57         1
#> AGC   AGC            S           58         1
#> AGA   AGA            R           59         2
#> AGG   AGG            R           60         2
#> GGT   GGT            G           61         3
#> GGC   GGC            G           62         3
#> GGA   GGA            G           63         3
#> GGG   GGG            G           64         3