returns number of AA sites used
rcpp_pairwiseDeletionAA(aavector, ncores = 1L, symmetric = 1L)StringVector [mandatory]
number of cores [default: 1]
symmetric score matrix [default: 1]
list
## load example sequence data
data("hiv", package="MSA2dist")
h <- hiv |> cds2aa() |> as.character()
rcpp_pairwiseDeletionAA(aavector=h, ncores=1)
#>
Computing: [========================================] 100% (done)
#> $sitesUsed
#> U68496 U68497 U68498 U68499 U68500 U68501 U68502 U68503 U68504 U68505
#> U68496 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68497 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68498 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68499 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68500 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68501 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68502 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68503 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68504 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
#> U68505 91 91 91 91 91 91 91 91 91 91
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#> U68506 U68507 U68508
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