This function calculates Ka/Ks (pN/pS)
for all combinations of a DNAStringSet.
If the sequences in the DNAStringSet are not a multiple-sequence
alignment, pairwise codon alignments can be calculated on the fly.
Models used and implemented according to
Li (1993) (using seqinr) or
Nei and Gojobori (1986) (own implementation) or models from
KaKs_Calculator2 ported to MSA2dist with Rcpp.
dnastring2kaks(
cds,
model = "Li",
threads = 1,
isMSA = TRUE,
sgc = "1",
verbose = FALSE,
...
)DNAStringSet coding sequence alignment [mandatory]
specify codon model either "Li" or "NG86" or
one of KaKs_Calculator2 model "NG", "LWL", "LPB", "MLWL", "MLPB",
"GY", "YN", "MYN", "MS", "MA", "GNG", "GLWL", "GLPB", "GMLWL", "GMLPB",
"GYN", "GMYN" [default: Li]
number of parallel threads [default: 1]
cds DNAStringSet represents MSA [default: TRUE]
standard genetic code (for KaKs Calculator models) [default: 1]
verbosity (for KaKs Calculator models) [default: FALSE]
other codon alignment parameters
A data.frame of KaKs values
"MS/MA/GNG/GLWL/GLPB/GMLWL/GMLPB/GYN:" Wang et al. (2010) KaKs_Calculator 2.0: a toolkit incorporating gamma-series methods and sliding window strategies.Genomics, proteomics & bioinformatics. 8(1), 77-80.
"Li/LWL:" Li et al. (1985) A new method for estimating synonymous and nonsynonymous rates of nucleotide substitution considering the relative likelihood of nucleotide and codon changes. Mol. Biol. Evol., 2(2), 150-174.
"Li/LPB:" Li (1993). Unbiased estimation of the rates of synonymous and nonsynonymous substitution. Journal of molecular evolution, 36(1), pp.96-99.
"NG86/NG:" Nei and Gojobori. (1986) Simple methods for estimating the numbers of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Mol. Biol. Evol., 3(5), 418-426.
"LPB:" Pamilo and Bianchi. (1993) Evolution of the Zfx and Zfy genes: Rates and interdependence between genes. Mol. Biol. Evol., 10, 271-281.
"MLWL/MLPB:" Tzeng et al. (2004). Comparison of three methods for estimating rates of synonymous and nonsynonymous nucleotide substitutions. Mol. Biol. Evol., 21(12), 2290-2298.
"GY:" Goldman and Yang (1994). A codon-based model of nucleotide substitution for protein-coding DNA sequences. Mol. Biol. Evol., 11(5) 725-736.
"YN:" Yang et al. (2000) Codon-substitution models for heterogeneous selection pressure at amino acid sites. Genetics. 155(1), 431-449.
"MYN:" Zhang et al. (2006). Computing Ka and Ks with a consideration of unequal transitional substitutions. BMC evolutionary biology, 6(1), 1-10.
"data(hiv):" Ganeshan et al. (1997) Human immunodeficiency virus type 1 genetic evolution in children with different rates of development of disease. J. Virology. 71(1), 663-677.
Wang et al. (2009). gamma-MYN: a new algorithm for estimating Ka and Ks with consideration of variable substitution rates. Biology Direct, 4(1), 1-18.
## load example sequence data
data("hiv", package="MSA2dist")
#dnastring2kaks(hiv, model="Li")
hiv |> dnastring2kaks(model="Li")
#> Joining with `by = join_by(seq1, seq2)`
#> Joining with `by = join_by(seq1, seq2)`
#> Joining with `by = join_by(seq1, seq2)`
#> Comp1 Comp2 seq1 seq2 ka ks vka vks
#> 1 1 2 U68496 U68497 0.03026357 0.0317031856 0.0003051202 0.0004007730
#> 2 1 3 U68496 U68498 0.09777332 0.0176141589 0.0009314173 0.0005091970
#> 3 1 4 U68496 U68499 0.10295875 0.0176731064 0.0009595527 0.0005787387
#> 4 1 5 U68496 U68500 0.13461355 0.0463968986 0.0013731885 0.0020497481
#> 5 1 6 U68496 U68501 0.12607831 0.0284429395 0.0013277282 0.0006310195
#> 6 1 7 U68496 U68502 0.17441037 0.1092653245 0.0017871934 0.0040766687
#> 7 1 8 U68496 U68503 0.15634972 0.0397478904 0.0015693139 0.0010151111
#> 8 1 9 U68496 U68504 0.14421633 0.0879405817 0.0014555647 0.0036120005
#> 9 1 10 U68496 U68505 0.13952943 0.0600004376 0.0013871757 0.0010872124
#> 10 1 11 U68496 U68506 0.15293806 0.0446263293 0.0014917205 0.0016000455
#> 11 1 12 U68496 U68507 0.17233755 0.0506739094 0.0017489395 0.0008525837
#> 12 1 13 U68496 U68508 0.20297426 0.0530563367 0.0021784791 0.0016191407
#> 13 2 3 U68497 U68498 0.12291500 0.0178006922 0.0011451050 0.0005798517
#> 14 2 4 U68497 U68499 0.11423944 0.0178657773 0.0010645577 0.0006536140
#> 15 2 5 U68497 U68500 0.14635158 0.0465803514 0.0014882273 0.0021421943
#> 16 2 6 U68497 U68501 0.15232262 0.0289560070 0.0015646067 0.0007113171
#> 17 2 7 U68497 U68502 0.18844835 0.1082484036 0.0019299056 0.0043143765
#> 18 2 8 U68497 U68503 0.15389053 0.0398280135 0.0015431390 0.0011502503
#> 19 2 9 U68497 U68504 0.15616528 0.1109611491 0.0015766080 0.0039369110
#> 20 2 10 U68497 U68505 0.15136945 0.0606006545 0.0015059746 0.0011657538
#> 21 2 11 U68497 U68506 0.16502115 0.0782677755 0.0016165774 0.0020628254
#> 22 2 12 U68497 U68507 0.20090792 0.0518729513 0.0020496504 0.0009519639
#> 23 2 13 U68497 U68508 0.20011790 0.0534260717 0.0021725951 0.0017341869
#> 24 3 4 U68498 U68499 0.07596391 -0.0004838245 0.0005620535 0.0003865916
#> 25 3 5 U68498 U68500 0.08840278 0.0463667477 0.0008260570 0.0016460465
#> 26 3 6 U68498 U68501 0.10286217 0.0101958272 0.0010525516 0.0003166930
#> 27 3 7 U68498 U68502 0.13009195 0.0940491643 0.0013057579 0.0044558026
#> 28 3 8 U68498 U68503 0.13641935 0.0441729344 0.0013004754 0.0016970196
#> 29 3 9 U68498 U68504 0.11024181 0.1184319156 0.0010976172 0.0049864168
#> 30 3 10 U68498 U68505 0.10652695 0.0712975708 0.0010391852 0.0023973803
#> 31 3 11 U68498 U68506 0.13085907 0.0870858286 0.0013133008 0.0029231671
#> 32 3 12 U68498 U68507 0.10809058 0.0543870183 0.0011142558 0.0015017030
#> 33 3 13 U68498 U68508 0.16297575 0.0440517806 0.0018854712 0.0010247788
#> 34 4 5 U68499 U68500 0.04753693 0.0102737435 0.0004383279 0.0005298658
#> 35 4 6 U68499 U68501 0.13602580 0.0097162829 0.0012647818 0.0007716744
#> 36 4 7 U68499 U68502 0.13681777 0.0901640402 0.0012227320 0.0042540042
#> 37 4 8 U68499 U68503 0.15100361 0.0458293630 0.0012941257 0.0020242775
#> 38 4 9 U68499 U68504 0.10903541 0.0941359554 0.0010512661 0.0039210531
#> 39 4 10 U68499 U68505 0.11155268 0.0408401022 0.0010437110 0.0009288677
#> 40 4 11 U68499 U68506 0.12931635 0.0641003604 0.0012583150 0.0020419709
#> 41 4 12 U68499 U68507 0.12466831 0.0567007476 0.0012199686 0.0017900222
#> 42 4 13 U68499 U68508 0.13610962 0.0898484362 0.0014962567 0.0041187582
#> 43 5 6 U68500 U68501 0.14964410 0.0582042332 0.0015776531 0.0020548121
#> 44 5 7 U68500 U68502 0.15988006 0.1438472932 0.0016078164 0.0064428544
#> 45 5 8 U68500 U68503 0.15673725 0.0861977448 0.0013892022 0.0037479479
#> 46 5 9 U68500 U68504 0.12800773 0.1677553950 0.0013867770 0.0080191008
#> 47 5 10 U68500 U68505 0.13063843 0.1085890328 0.0013768721 0.0039717993
#> 48 5 11 U68500 U68506 0.14653147 0.1236919447 0.0016022322 0.0051547115
#> 49 5 12 U68500 U68507 0.14494020 0.0963918335 0.0014435239 0.0034569489
#> 50 5 13 U68500 U68508 0.13591211 0.0806060567 0.0014251451 0.0030925806
#> 51 6 7 U68501 U68502 0.14933484 0.0672748223 0.0014052841 0.0034772435
#> 52 6 8 U68501 U68503 0.15573005 0.0554867582 0.0013851157 0.0021116389
#> 53 6 9 U68501 U68504 0.11320207 0.1420723073 0.0010409458 0.0060663691
#> 54 6 10 U68501 U68505 0.12691557 0.0670868311 0.0011168607 0.0020037645
#> 55 6 11 U68501 U68506 0.11939683 0.1092378646 0.0011341777 0.0038233059
#> 56 6 12 U68501 U68507 0.14111743 0.0661867231 0.0013055455 0.0018710869
#> 57 6 13 U68501 U68508 0.15062997 0.0674985077 0.0017283433 0.0012918646
#> 58 7 8 U68502 U68503 0.14127514 0.1679513190 0.0012163932 0.0074519537
#> 59 7 9 U68502 U68504 0.10809248 0.1522765380 0.0010257402 0.0058858088
#> 60 7 10 U68502 U68505 0.10525681 0.1405815063 0.0009871737 0.0056509830
#> 61 7 11 U68502 U68506 0.12796255 0.1874086342 0.0012356488 0.0084817971
#> 62 7 12 U68502 U68507 0.11030071 0.1651909774 0.0010889044 0.0071876798
#> 63 7 13 U68502 U68508 0.13517843 0.1841705167 0.0015314707 0.0079501818
#> 64 8 9 U68503 U68504 0.13509941 0.1269048145 0.0011113531 0.0047146155
#> 65 8 10 U68503 U68505 0.14189994 0.0424813552 0.0011379089 0.0009375791
#> 66 8 11 U68503 U68506 0.15642763 0.0962526692 0.0013415432 0.0027808415
#> 67 8 12 U68503 U68507 0.14632577 0.0425317911 0.0011497637 0.0008663924
#> 68 8 13 U68503 U68508 0.14702536 0.0786270338 0.0013787524 0.0025009601
#> 69 9 10 U68504 U68505 0.02018431 0.0935703588 0.0001353697 0.0042476907
#> 70 9 11 U68504 U68506 0.01963868 0.0616993490 0.0002675568 0.0019647032
#> 71 9 12 U68504 U68507 0.04645002 0.1121475416 0.0004670412 0.0041104637
#> 72 9 13 U68504 U68508 0.10262621 0.1452111714 0.0013299190 0.0066748916
#> 73 10 11 U68505 U68506 0.04029444 0.0848476525 0.0004104632 0.0024364085
#> 74 10 12 U68505 U68507 0.04627943 0.0203211276 0.0004322275 0.0003654116
#> 75 10 13 U68505 U68508 0.10915633 0.0474209893 0.0013291206 0.0021449341
#> 76 11 12 U68506 U68507 0.04958974 0.0826465317 0.0004228026 0.0022519366
#> 77 11 13 U68506 U68508 0.12249925 0.1139798033 0.0015342708 0.0043738539
#> 78 12 13 U68507 U68508 0.11267851 0.0468580415 0.0012934094 0.0019973539
#dnastring2kaks(hiv, model="NG86")
hiv |> dnastring2kaks(model="NG86")
#> Comp1 Comp2 seq1 seq2 Codons Compared Ambigiuous Indels Ns
#> result.1 1 2 U68496 U68497 91 91 0 0 0
#> result.2 1 3 U68496 U68498 91 91 0 0 0
#> result.3 1 4 U68496 U68499 91 91 0 0 0
#> result.4 1 5 U68496 U68500 91 91 0 0 0
#> result.5 1 6 U68496 U68501 91 91 0 0 0
#> result.6 1 7 U68496 U68502 91 91 0 0 0
#> result.7 1 8 U68496 U68503 91 91 0 0 0
#> result.8 1 9 U68496 U68504 91 91 0 0 0
#> result.9 1 10 U68496 U68505 91 91 0 0 0
#> result.10 1 11 U68496 U68506 91 91 0 0 0
#> result.11 1 12 U68496 U68507 91 91 0 0 0
#> result.12 1 13 U68496 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.1 2 3 U68497 U68498 91 91 0 0 0
#> result.2.1 2 4 U68497 U68499 91 91 0 0 0
#> result.3.1 2 5 U68497 U68500 91 91 0 0 0
#> result.4.1 2 6 U68497 U68501 91 91 0 0 0
#> result.5.1 2 7 U68497 U68502 91 91 0 0 0
#> result.6.1 2 8 U68497 U68503 91 91 0 0 0
#> result.7.1 2 9 U68497 U68504 91 91 0 0 0
#> result.8.1 2 10 U68497 U68505 91 91 0 0 0
#> result.9.1 2 11 U68497 U68506 91 91 0 0 0
#> result.10.1 2 12 U68497 U68507 91 91 0 0 0
#> result.11.1 2 13 U68497 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.2 3 4 U68498 U68499 91 91 0 0 0
#> result.2.2 3 5 U68498 U68500 91 91 0 0 0
#> result.3.2 3 6 U68498 U68501 91 91 0 0 0
#> result.4.2 3 7 U68498 U68502 91 91 0 0 0
#> result.5.2 3 8 U68498 U68503 91 91 0 0 0
#> result.6.2 3 9 U68498 U68504 91 91 0 0 0
#> result.7.2 3 10 U68498 U68505 91 91 0 0 0
#> result.8.2 3 11 U68498 U68506 91 91 0 0 0
#> result.9.2 3 12 U68498 U68507 91 91 0 0 0
#> result.10.2 3 13 U68498 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.3 4 5 U68499 U68500 91 91 0 0 0
#> result.2.3 4 6 U68499 U68501 91 91 0 0 0
#> result.3.3 4 7 U68499 U68502 91 91 0 0 0
#> result.4.3 4 8 U68499 U68503 91 91 0 0 0
#> result.5.3 4 9 U68499 U68504 91 91 0 0 0
#> result.6.3 4 10 U68499 U68505 91 91 0 0 0
#> result.7.3 4 11 U68499 U68506 91 91 0 0 0
#> result.8.3 4 12 U68499 U68507 91 91 0 0 0
#> result.9.3 4 13 U68499 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.4 5 6 U68500 U68501 91 91 0 0 0
#> result.2.4 5 7 U68500 U68502 91 91 0 0 0
#> result.3.4 5 8 U68500 U68503 91 91 0 0 0
#> result.4.4 5 9 U68500 U68504 91 91 0 0 0
#> result.5.4 5 10 U68500 U68505 91 91 0 0 0
#> result.6.4 5 11 U68500 U68506 91 91 0 0 0
#> result.7.4 5 12 U68500 U68507 91 91 0 0 0
#> result.8.4 5 13 U68500 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.5 6 7 U68501 U68502 91 91 0 0 0
#> result.2.5 6 8 U68501 U68503 91 91 0 0 0
#> result.3.5 6 9 U68501 U68504 91 91 0 0 0
#> result.4.5 6 10 U68501 U68505 91 91 0 0 0
#> result.5.5 6 11 U68501 U68506 91 91 0 0 0
#> result.6.5 6 12 U68501 U68507 91 91 0 0 0
#> result.7.5 6 13 U68501 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.6 7 8 U68502 U68503 91 91 0 0 0
#> result.2.6 7 9 U68502 U68504 91 91 0 0 0
#> result.3.6 7 10 U68502 U68505 91 91 0 0 0
#> result.4.6 7 11 U68502 U68506 91 91 0 0 0
#> result.5.6 7 12 U68502 U68507 91 91 0 0 0
#> result.6.6 7 13 U68502 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.7 8 9 U68503 U68504 91 91 0 0 0
#> result.2.7 8 10 U68503 U68505 91 91 0 0 0
#> result.3.7 8 11 U68503 U68506 91 91 0 0 0
#> result.4.7 8 12 U68503 U68507 91 91 0 0 0
#> result.5.7 8 13 U68503 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.8 9 10 U68504 U68505 91 91 0 0 0
#> result.2.8 9 11 U68504 U68506 91 91 0 0 0
#> result.3.8 9 12 U68504 U68507 91 91 0 0 0
#> result.4.8 9 13 U68504 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.9 10 11 U68505 U68506 91 91 0 0 0
#> result.2.9 10 12 U68505 U68507 91 91 0 0 0
#> result.3.9 10 13 U68505 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.10 11 12 U68506 U68507 91 91 0 0 0
#> result.2.10 11 13 U68506 U68508 91 91 0 0 0
#> result.12.1 12 13 U68507 U68508 91 91 0 0 0
#> Sd Sn S N
#> result.1 3 6 57 216
#> result.2 1.5 18.5 57.5 215.5
#> result.3 1.5 19.5 56.5 216.5
#> result.4 2.5 25.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.5 2.5 23.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.6 5.83333333333333 31.1666666666667 57.5 215.5
#> result.7 3.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.8 4 26 57 216
#> result.9 5 25 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.10 2.5 26.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.11 4.5 29.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.12 4.5 36.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.1 1.5 22.5 57.5 215.5
#> result.2.1 1.5 21.5 56.5 216.5
#> result.3.1 2.5 27.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.4.1 2.5 27.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.5.1 5.33333333333333 33.6666666666667 57.5 215.5
#> result.6.1 3.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.7.1 6 28 57 216
#> result.8.1 5 27 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.9.1 5.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.10.1 4.5 33.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.11.1 4.5 36.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.2 0 14 57 216
#> result.2.2 2.5 16.5 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.3.2 1 19 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.4.2 3.83333333333333 24.1666666666667 58 215
#> result.5.2 2.5 24.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.6.2 5 20 57.5 215.5
#> result.7.2 4 19 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.8.2 4.5 23.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.9.2 3.5 19.5 58.1666666666667 214.833333333333
#> result.10.2 4 30 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.1.3 1 10 55.6666666666667 217.333333333333
#> result.2.3 1 25 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.3.3 3.83333333333333 25.1666666666667 57 216
#> result.4.3 2.5 26.5 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.5.3 4.5 20.5 56.5 216.5
#> result.6.3 3.5 20.5 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.7.3 4 24 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.8.3 3.5 22.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.9.3 4 27 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.1.4 3.5 27.5 56.5 216.5
#> result.2.4 6.33333333333333 29.6666666666667 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.3.4 4 28 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.4.4 6.5 24.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.5.4 5.5 24.5 56 217
#> result.6.4 5.5 27.5 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.7.4 5 26 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.8.4 5 26 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.1.5 2.33333333333333 26.6666666666667 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.2.5 3.5 27.5 57.5 215.5
#> result.3.5 6.5 20.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.5 4.5 22.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.5.5 6 22 57.5 215.5
#> result.6.5 4.5 24.5 58 215
#> result.7.5 6 28 57.5 215.5
#> result.1.6 7.5 25.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.2.6 7.83333333333333 21.1666666666667 57.5 215.5
#> result.3.6 6.83333333333333 20.1666666666667 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.6 8.33333333333333 24.6666666666667 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.5.6 7.33333333333333 21.6666666666667 58.1666666666667 214.833333333333
#> result.6.6 8.33333333333333 26.6666666666667 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.1.7 7 23 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.2.7 4 24 57 216
#> result.3.7 6.5 26.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.7 4 24 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.5.7 5 27 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.1.8 4 4 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.2.8 3.5 4.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.3.8 6 9 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.4.8 6.5 21.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.9 5.5 8.5 57 216
#> result.2.9 2 9 57.5 215.5
#> result.3.9 2.5 22.5 57 216
#> result.1.10 5.5 9.5 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.2.10 6 25 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.12.1 2.5 22.5 57.8333333333333 215.166666666667
#> ps pn pn/ps
#> result.1 0.0526315789473684 0.0277777777777778 0.527777777777778
#> result.2 0.0260869565217391 0.08584686774942 3.2907965970611
#> result.3 0.0265486725663717 0.0900692840646651 3.39260969976905
#> result.4 0.0445103857566766 0.117601844734819 2.64212144504228
#> result.5 0.0436046511627907 0.108964451313756 2.49891808346213
#> result.6 0.101449275362319 0.144624903325599 1.42558833278091
#> result.7 0.0612244897959184 0.132046332046332 2.15675675675676
#> result.8 0.0701754385964912 0.12037037037037 1.71527777777778
#> result.9 0.0879765395894428 0.115651503469545 1.31457208943716
#> result.10 0.043731778425656 0.122779922779923 2.80756756756757
#> result.11 0.0780346820809248 0.136996904024768 1.75558995528036
#> result.12 0.0787172011661808 0.169111969111969 2.14834834834835
#> result.1.1 0.0260869565217391 0.104408352668213 4.00232018561485
#> result.2.1 0.0265486725663717 0.0993071593533487 3.74056966897614
#> result.3.1 0.0445103857566766 0.126825518831668 2.84934665641814
#> result.4.1 0.0436046511627907 0.127511591962906 2.9242658423493
#> result.5.1 0.0927536231884058 0.156225831399845 1.68430974477958
#> result.6.1 0.0612244897959184 0.132046332046332 2.15675675675676
#> result.7.1 0.105263157894737 0.12962962962963 1.23148148148148
#> result.8.1 0.0879765395894428 0.124903623747109 1.41973785659214
#> result.9.1 0.0962099125364431 0.132046332046332 1.37248157248157
#> result.10.1 0.0780346820809248 0.155572755417957 1.99363605091159
#> result.11.1 0.0787172011661808 0.169111969111969 2.14834834834835
#> result.1.2 0 0.0648148148148148 <NA>
#> result.2.2 0.0441176470588235 0.076271186440678 1.72881355932203
#> result.3.2 0.0172910662824208 0.0883036405886909 5.10689388071262
#> result.4.2 0.0660919540229885 0.112403100775194 1.70070778564206
#> result.5.2 0.0433526011560694 0.113777089783282 2.62445820433437
#> result.6.2 0.0869565217391304 0.0928074245939675 1.06728538283063
#> result.7.2 0.0697674418604651 0.0880989180834621 1.26275115919629
#> result.8.2 0.0780346820809248 0.109133126934985 1.39852081183351
#> result.9.2 0.0601719197707736 0.0907680372381691 1.50847833314862
#> result.10.2 0.069364161849711 0.139318885448916 2.00851393188855
#> result.1.3 0.0179640718562874 0.0460122699386503 2.56134969325153
#> result.2.3 0.0175953079178886 0.115651503469545 6.57286044718581
#> result.3.3 0.0672514619883041 0.116512345679012 1.73248792270531
#> result.4.3 0.0441176470588235 0.122496147919877 2.77657935285054
#> result.5.3 0.079646017699115 0.0946882217090069 1.1888632281242
#> result.6.3 0.0621301775147929 0.0946153846153846 1.52285714285714
#> result.7.3 0.0705882352941176 0.110939907550077 1.57164869029276
#> result.8.3 0.0612244897959184 0.104247104247104 1.7027027027027
#> result.9.3 0.0705882352941176 0.124807395993837 1.76810477657935
#> result.1.4 0.0619469026548673 0.1270207852194 2.05047838997031
#> result.2.4 0.111764705882353 0.13713405238829 1.22698888978996
#> result.3.4 0.0710059171597633 0.129230769230769 1.82
#> result.4.4 0.115727002967359 0.112990007686395 0.976349553597824
#> result.5.4 0.0982142857142857 0.112903225806452 1.14956011730205
#> result.6.4 0.0976331360946746 0.126923076923077 1.3
#> result.7.4 0.0879765395894428 0.120277563608327 1.36715497301465
#> result.8.4 0.0887573964497041 0.12 1.352
#> result.1.5 0.0403458213256484 0.123934934159566 3.07181586809782
#> result.2.5 0.0608695652173913 0.127610208816705 2.09645343056016
#> result.3.5 0.113372093023256 0.0950540958268934 0.838425870883367
#> result.4.5 0.0787172011661808 0.104247104247104 1.32432432432432
#> result.5.5 0.104347826086957 0.102088167053364 0.978344934261408
#> result.6.5 0.0775862068965517 0.113953488372093 1.4687338501292
#> result.7.5 0.104347826086957 0.129930394431555 1.24516627996906
#> result.1.6 0.130057803468208 0.118421052631579 0.910526315789474
#> result.2.6 0.136231884057971 0.0982211910286156 0.72098533840154
#> result.3.6 0.119186046511628 0.0935085007727975 0.784559128435179
#> result.4.6 0.144508670520231 0.114551083591331 0.792693498452012
#> result.5.6 0.126074498567335 0.100853374709077 0.799950631215178
#> result.6.6 0.144508670520231 0.123839009287926 0.856965944272446
#> result.1.7 0.122448979591837 0.106563706563707 0.87027027027027
#> result.2.7 0.0701754385964912 0.111111111111111 1.58333333333333
#> result.3.7 0.113372093023256 0.122874806800618 1.08381880870289
#> result.4.7 0.069164265129683 0.11154144074361 1.61270333075136
#> result.5.7 0.0872093023255814 0.125193199381762 1.4355486862442
#> result.1.8 0.0703812316715543 0.0185042405551272 0.262914417887433
#> result.2.8 0.0612244897959184 0.0208494208494209 0.340540540540541
#> result.3.8 0.104046242774566 0.0417956656346749 0.401702786377709
#> result.4.8 0.113702623906706 0.0996138996138996 0.876091476091476
#> result.1.9 0.0964912280701754 0.0393518518518519 0.407828282828283
#> result.2.9 0.0347826086956522 0.0417633410672854 1.20069605568445
#> result.3.9 0.043859649122807 0.104166666666667 2.375
#> result.1.10 0.0951008645533141 0.0441518202943455 0.464263080064784
#> result.2.10 0.104651162790698 0.115919629057187 1.10767645543534
#> result.12.1 0.0432276657060519 0.104570100697134 2.41905499612703
#> ds dn dn/ds
#> result.1 0.0545695157118212 0.0283052459871352 0.518700699793888
#> result.2 0.026551445288187 0.0911703470876381 3.43372445823884
#> result.3 0.0270299523623977 0.0959537646568416 3.54990505977829
#> result.4 0.0458858673563109 0.127915513677956 2.78768869474935
#> result.5 0.0449236061858017 0.117741219733924 2.62092093067847
#> result.6 0.108999740568461 0.160668709585171 1.47402836692312
#> result.7 0.0638683562552301 0.145244792123914 2.27412760622002
#> result.8 0.0736788296875599 0.131206087122249 1.7807840824649
#> result.9 0.0935791594009808 0.12560604303091 1.34224376276662
#> result.10 0.0450585929574625 0.134081795349486 2.97572086807206
#> result.11 0.0823998581838992 0.151277415057255 1.8358941191335
#> result.12 0.0831620246840571 0.191636389628777 2.30437378547273
#> result.1.1 0.026551445288187 0.112429520622234 4.23440303915417
#> result.2.1 0.0270299523623977 0.106526626973117 3.94105862803185
#> result.3.1 0.0458858673563109 0.138934995654973 3.02783849711548
#> result.4.1 0.0449236061858017 0.139761149994027 3.1110848362436
#> result.5.1 0.0990106916882497 0.175180610249359 1.76931003371779
#> result.6.1 0.0638683562552301 0.145244792123914 2.27412760622002
#> result.7.1 0.113423227292943 0.142317401461104 1.25474653523599
#> result.8.1 0.0935791594009808 0.136625525007927 1.45999949008406
#> result.9.1 0.10296515533144 0.145244792123914 1.4106208227082
#> result.10.1 0.0823998581838992 0.174356159057321 2.11597644583555
#> result.11.1 0.0831620246840571 0.191636389628777 2.30437378547273
#> result.1.2 0 0.0677880461012017 <NA>
#> result.2.2 0.0454684663623261 0.0804341477651982 1.76900947404383
#> result.3.2 0.0174935044248067 0.0939498205495953 5.37055459375937
#> result.4.2 0.069187300238414 0.121775206698307 1.76008033669011
#> result.5.2 0.0446560452682624 0.12339316262594 2.76319055762057
#> result.6.2 0.0924244803179611 0.0990720883078883 1.07192475377798
#> result.7.2 0.073228852172937 0.0937178136336677 1.27979356295718
#> result.8.2 0.0823998581838992 0.11793859312913 1.4312960692956
#> result.9.2 0.0627230993043084 0.0967483064333858 1.54246693014961
#> result.10.2 0.0727843418621031 0.154123718283669 2.11753949188235
#> result.1.3 0.0181827087074946 0.0474842095607451 2.6115036172346
#> result.2.3 0.0178049904773047 0.12560604303091 7.05454143269636
#> result.3.3 0.0704599406264042 0.126624521256008 1.79711365252779
#> result.4.3 0.0454684663623261 0.133742547577616 2.94143520284711
#> result.5.3 0.0842004764033108 0.101221565066322 1.20214955294888
#> result.6.3 0.0648551985028701 0.101138208126399 1.55944643546073
#> result.7.3 0.0741343759774745 0.120056036386316 1.61943814597961
#> result.8.3 0.0638683562552301 0.112242217679564 1.75739950517942
#> result.9.3 0.0741343759774745 0.136510078393206 1.84138702988051
#> result.1.4 0.0646553964009121 0.139170038559349 2.15248913944305
#> result.2.4 0.121024643713475 0.15144523277581 1.25135863348919
#> result.3.4 0.0745955951479785 0.141835352045924 1.90139044758017
#> result.4.4 0.125695312562783 0.122465898420489 0.97430760084485
#> result.5.4 0.105268018271192 0.122363730514676 1.16240176764268
#> result.6.4 0.104599596108253 0.139052417498522 1.32937814936315
#> result.7.4 0.0935791594009808 0.131095546037613 1.40090536051811
#> result.8.4 0.0944643067332107 0.130765040358583 1.38427989238194
#> result.1.5 0.04147157058216 0.135464176341989 3.2664346789958
#> result.2.5 0.0634819823655594 0.139879977105869 2.20345949974237
#> result.3.5 0.122915891328837 0.101640422515845 0.826910348344833
#> result.4.5 0.0831620246840571 0.112242217679564 1.34968115682592
#> result.5.5 0.112359208671495 0.109738934776993 0.976679491378732
#> result.6.5 0.081899468973744 0.123601135780343 1.50918116233414
#> result.7.5 0.112359208671495 0.142681100810109 1.26986566118729
#> result.1.6 0.142835223178404 0.128887692694994 0.902352303773218
#> result.2.6 0.150342008285561 0.10527596415443 0.700243167927274
#> result.3.6 0.129796673535868 0.0998725961228087 0.769454204041751
#> result.4.6 0.160524722432813 0.124306126828754 0.774373722283066
#> result.5.6 0.138031675513526 0.108310942796978 0.784681794189803
#> result.6.6 0.160524722432813 0.135349271124206 0.843167763027005
#> result.1.7 0.133686173554739 0.114937638370506 0.859757111108007
#> result.2.7 0.0736788296875599 0.120256987556385 1.63217830774922
#> result.3.7 0.122915891328837 0.134195261740814 1.09176494829136
#> result.4.7 0.0725641058409195 0.120762327332266 1.66421574320794
#> result.5.7 0.0927104669753825 0.136973042693928 1.47742803118766
#> result.1.8 0.0739059002893285 0.0187363373661175 0.253516123784002
#> result.2.8 0.0638683562552301 0.0211447050669682 0.331066999477331
#> result.3.8 0.11200896641424 0.0430054099614337 0.383946136976105
#> result.4.8 0.123305384995836 0.106880264546396 0.866793161953194
#> result.1.9 0.103287937917901 0.0404218261538492 0.391350887322186
#> result.2.9 0.0356149996994909 0.0429711784958646 1.2065472092782
#> result.3.9 0.0451943936386476 0.112148800478223 2.48147594090785
#> result.1.10 0.101693980828118 0.0455047763039953 0.447467745223851
#> result.2.10 0.112711652287003 0.12592311905919 1.11721473782094
#> result.12.1 0.0445234567872044 0.112617450905259 2.52939594163822
#dnastring2kaks(hiv, model="NG86", threads=2)
hiv |> dnastring2kaks(model="NG86", threads=2)
#> Comp1 Comp2 seq1 seq2 Codons Compared Ambigiuous Indels Ns
#> result.1 1 2 U68496 U68497 91 91 0 0 0
#> result.2 1 3 U68496 U68498 91 91 0 0 0
#> result.3 1 4 U68496 U68499 91 91 0 0 0
#> result.4 1 5 U68496 U68500 91 91 0 0 0
#> result.5 1 6 U68496 U68501 91 91 0 0 0
#> result.6 1 7 U68496 U68502 91 91 0 0 0
#> result.7 1 8 U68496 U68503 91 91 0 0 0
#> result.8 1 9 U68496 U68504 91 91 0 0 0
#> result.9 1 10 U68496 U68505 91 91 0 0 0
#> result.10 1 11 U68496 U68506 91 91 0 0 0
#> result.11 1 12 U68496 U68507 91 91 0 0 0
#> result.12 1 13 U68496 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.1 2 3 U68497 U68498 91 91 0 0 0
#> result.2.1 2 4 U68497 U68499 91 91 0 0 0
#> result.3.1 2 5 U68497 U68500 91 91 0 0 0
#> result.4.1 2 6 U68497 U68501 91 91 0 0 0
#> result.5.1 2 7 U68497 U68502 91 91 0 0 0
#> result.6.1 2 8 U68497 U68503 91 91 0 0 0
#> result.7.1 2 9 U68497 U68504 91 91 0 0 0
#> result.8.1 2 10 U68497 U68505 91 91 0 0 0
#> result.9.1 2 11 U68497 U68506 91 91 0 0 0
#> result.10.1 2 12 U68497 U68507 91 91 0 0 0
#> result.11.1 2 13 U68497 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.2 3 4 U68498 U68499 91 91 0 0 0
#> result.2.2 3 5 U68498 U68500 91 91 0 0 0
#> result.3.2 3 6 U68498 U68501 91 91 0 0 0
#> result.4.2 3 7 U68498 U68502 91 91 0 0 0
#> result.5.2 3 8 U68498 U68503 91 91 0 0 0
#> result.6.2 3 9 U68498 U68504 91 91 0 0 0
#> result.7.2 3 10 U68498 U68505 91 91 0 0 0
#> result.8.2 3 11 U68498 U68506 91 91 0 0 0
#> result.9.2 3 12 U68498 U68507 91 91 0 0 0
#> result.10.2 3 13 U68498 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.3 4 5 U68499 U68500 91 91 0 0 0
#> result.2.3 4 6 U68499 U68501 91 91 0 0 0
#> result.3.3 4 7 U68499 U68502 91 91 0 0 0
#> result.4.3 4 8 U68499 U68503 91 91 0 0 0
#> result.5.3 4 9 U68499 U68504 91 91 0 0 0
#> result.6.3 4 10 U68499 U68505 91 91 0 0 0
#> result.7.3 4 11 U68499 U68506 91 91 0 0 0
#> result.8.3 4 12 U68499 U68507 91 91 0 0 0
#> result.9.3 4 13 U68499 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.4 5 6 U68500 U68501 91 91 0 0 0
#> result.2.4 5 7 U68500 U68502 91 91 0 0 0
#> result.3.4 5 8 U68500 U68503 91 91 0 0 0
#> result.4.4 5 9 U68500 U68504 91 91 0 0 0
#> result.5.4 5 10 U68500 U68505 91 91 0 0 0
#> result.6.4 5 11 U68500 U68506 91 91 0 0 0
#> result.7.4 5 12 U68500 U68507 91 91 0 0 0
#> result.8.4 5 13 U68500 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.5 6 7 U68501 U68502 91 91 0 0 0
#> result.2.5 6 8 U68501 U68503 91 91 0 0 0
#> result.3.5 6 9 U68501 U68504 91 91 0 0 0
#> result.4.5 6 10 U68501 U68505 91 91 0 0 0
#> result.5.5 6 11 U68501 U68506 91 91 0 0 0
#> result.6.5 6 12 U68501 U68507 91 91 0 0 0
#> result.7.5 6 13 U68501 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.6 7 8 U68502 U68503 91 91 0 0 0
#> result.2.6 7 9 U68502 U68504 91 91 0 0 0
#> result.3.6 7 10 U68502 U68505 91 91 0 0 0
#> result.4.6 7 11 U68502 U68506 91 91 0 0 0
#> result.5.6 7 12 U68502 U68507 91 91 0 0 0
#> result.6.6 7 13 U68502 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.7 8 9 U68503 U68504 91 91 0 0 0
#> result.2.7 8 10 U68503 U68505 91 91 0 0 0
#> result.3.7 8 11 U68503 U68506 91 91 0 0 0
#> result.4.7 8 12 U68503 U68507 91 91 0 0 0
#> result.5.7 8 13 U68503 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.8 9 10 U68504 U68505 91 91 0 0 0
#> result.2.8 9 11 U68504 U68506 91 91 0 0 0
#> result.3.8 9 12 U68504 U68507 91 91 0 0 0
#> result.4.8 9 13 U68504 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.9 10 11 U68505 U68506 91 91 0 0 0
#> result.2.9 10 12 U68505 U68507 91 91 0 0 0
#> result.3.9 10 13 U68505 U68508 91 91 0 0 0
#> result.1.10 11 12 U68506 U68507 91 91 0 0 0
#> result.2.10 11 13 U68506 U68508 91 91 0 0 0
#> result.12.1 12 13 U68507 U68508 91 91 0 0 0
#> Sd Sn S N
#> result.1 3 6 57 216
#> result.2 1.5 18.5 57.5 215.5
#> result.3 1.5 19.5 56.5 216.5
#> result.4 2.5 25.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.5 2.5 23.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.6 5.83333333333333 31.1666666666667 57.5 215.5
#> result.7 3.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.8 4 26 57 216
#> result.9 5 25 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.10 2.5 26.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.11 4.5 29.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.12 4.5 36.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.1 1.5 22.5 57.5 215.5
#> result.2.1 1.5 21.5 56.5 216.5
#> result.3.1 2.5 27.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.4.1 2.5 27.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.5.1 5.33333333333333 33.6666666666667 57.5 215.5
#> result.6.1 3.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.7.1 6 28 57 216
#> result.8.1 5 27 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.9.1 5.5 28.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.10.1 4.5 33.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.11.1 4.5 36.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.2 0 14 57 216
#> result.2.2 2.5 16.5 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.3.2 1 19 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.4.2 3.83333333333333 24.1666666666667 58 215
#> result.5.2 2.5 24.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.6.2 5 20 57.5 215.5
#> result.7.2 4 19 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.8.2 4.5 23.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.9.2 3.5 19.5 58.1666666666667 214.833333333333
#> result.10.2 4 30 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.1.3 1 10 55.6666666666667 217.333333333333
#> result.2.3 1 25 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.3.3 3.83333333333333 25.1666666666667 57 216
#> result.4.3 2.5 26.5 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.5.3 4.5 20.5 56.5 216.5
#> result.6.3 3.5 20.5 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.7.3 4 24 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.8.3 3.5 22.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.9.3 4 27 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.1.4 3.5 27.5 56.5 216.5
#> result.2.4 6.33333333333333 29.6666666666667 56.6666666666667 216.333333333333
#> result.3.4 4 28 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.4.4 6.5 24.5 56.1666666666667 216.833333333333
#> result.5.4 5.5 24.5 56 217
#> result.6.4 5.5 27.5 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.7.4 5 26 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.8.4 5 26 56.3333333333333 216.666666666667
#> result.1.5 2.33333333333333 26.6666666666667 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.2.5 3.5 27.5 57.5 215.5
#> result.3.5 6.5 20.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.5 4.5 22.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.5.5 6 22 57.5 215.5
#> result.6.5 4.5 24.5 58 215
#> result.7.5 6 28 57.5 215.5
#> result.1.6 7.5 25.5 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.2.6 7.83333333333333 21.1666666666667 57.5 215.5
#> result.3.6 6.83333333333333 20.1666666666667 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.6 8.33333333333333 24.6666666666667 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.5.6 7.33333333333333 21.6666666666667 58.1666666666667 214.833333333333
#> result.6.6 8.33333333333333 26.6666666666667 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.1.7 7 23 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.2.7 4 24 57 216
#> result.3.7 6.5 26.5 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.4.7 4 24 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.5.7 5 27 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.1.8 4 4 56.8333333333333 216.166666666667
#> result.2.8 3.5 4.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.3.8 6 9 57.6666666666667 215.333333333333
#> result.4.8 6.5 21.5 57.1666666666667 215.833333333333
#> result.1.9 5.5 8.5 57 216
#> result.2.9 2 9 57.5 215.5
#> result.3.9 2.5 22.5 57 216
#> result.1.10 5.5 9.5 57.8333333333333 215.166666666667
#> result.2.10 6 25 57.3333333333333 215.666666666667
#> result.12.1 2.5 22.5 57.8333333333333 215.166666666667
#> ps pn pn/ps
#> result.1 0.0526315789473684 0.0277777777777778 0.527777777777778
#> result.2 0.0260869565217391 0.08584686774942 3.2907965970611
#> result.3 0.0265486725663717 0.0900692840646651 3.39260969976905
#> result.4 0.0445103857566766 0.117601844734819 2.64212144504228
#> result.5 0.0436046511627907 0.108964451313756 2.49891808346213
#> result.6 0.101449275362319 0.144624903325599 1.42558833278091
#> result.7 0.0612244897959184 0.132046332046332 2.15675675675676
#> result.8 0.0701754385964912 0.12037037037037 1.71527777777778
#> result.9 0.0879765395894428 0.115651503469545 1.31457208943716
#> result.10 0.043731778425656 0.122779922779923 2.80756756756757
#> result.11 0.0780346820809248 0.136996904024768 1.75558995528036
#> result.12 0.0787172011661808 0.169111969111969 2.14834834834835
#> result.1.1 0.0260869565217391 0.104408352668213 4.00232018561485
#> result.2.1 0.0265486725663717 0.0993071593533487 3.74056966897614
#> result.3.1 0.0445103857566766 0.126825518831668 2.84934665641814
#> result.4.1 0.0436046511627907 0.127511591962906 2.9242658423493
#> result.5.1 0.0927536231884058 0.156225831399845 1.68430974477958
#> result.6.1 0.0612244897959184 0.132046332046332 2.15675675675676
#> result.7.1 0.105263157894737 0.12962962962963 1.23148148148148
#> result.8.1 0.0879765395894428 0.124903623747109 1.41973785659214
#> result.9.1 0.0962099125364431 0.132046332046332 1.37248157248157
#> result.10.1 0.0780346820809248 0.155572755417957 1.99363605091159
#> result.11.1 0.0787172011661808 0.169111969111969 2.14834834834835
#> result.1.2 0 0.0648148148148148 <NA>
#> result.2.2 0.0441176470588235 0.076271186440678 1.72881355932203
#> result.3.2 0.0172910662824208 0.0883036405886909 5.10689388071262
#> result.4.2 0.0660919540229885 0.112403100775194 1.70070778564206
#> result.5.2 0.0433526011560694 0.113777089783282 2.62445820433437
#> result.6.2 0.0869565217391304 0.0928074245939675 1.06728538283063
#> result.7.2 0.0697674418604651 0.0880989180834621 1.26275115919629
#> result.8.2 0.0780346820809248 0.109133126934985 1.39852081183351
#> result.9.2 0.0601719197707736 0.0907680372381691 1.50847833314862
#> result.10.2 0.069364161849711 0.139318885448916 2.00851393188855
#> result.1.3 0.0179640718562874 0.0460122699386503 2.56134969325153
#> result.2.3 0.0175953079178886 0.115651503469545 6.57286044718581
#> result.3.3 0.0672514619883041 0.116512345679012 1.73248792270531
#> result.4.3 0.0441176470588235 0.122496147919877 2.77657935285054
#> result.5.3 0.079646017699115 0.0946882217090069 1.1888632281242
#> result.6.3 0.0621301775147929 0.0946153846153846 1.52285714285714
#> result.7.3 0.0705882352941176 0.110939907550077 1.57164869029276
#> result.8.3 0.0612244897959184 0.104247104247104 1.7027027027027
#> result.9.3 0.0705882352941176 0.124807395993837 1.76810477657935
#> result.1.4 0.0619469026548673 0.1270207852194 2.05047838997031
#> result.2.4 0.111764705882353 0.13713405238829 1.22698888978996
#> result.3.4 0.0710059171597633 0.129230769230769 1.82
#> result.4.4 0.115727002967359 0.112990007686395 0.976349553597824
#> result.5.4 0.0982142857142857 0.112903225806452 1.14956011730205
#> result.6.4 0.0976331360946746 0.126923076923077 1.3
#> result.7.4 0.0879765395894428 0.120277563608327 1.36715497301465
#> result.8.4 0.0887573964497041 0.12 1.352
#> result.1.5 0.0403458213256484 0.123934934159566 3.07181586809782
#> result.2.5 0.0608695652173913 0.127610208816705 2.09645343056016
#> result.3.5 0.113372093023256 0.0950540958268934 0.838425870883367
#> result.4.5 0.0787172011661808 0.104247104247104 1.32432432432432
#> result.5.5 0.104347826086957 0.102088167053364 0.978344934261408
#> result.6.5 0.0775862068965517 0.113953488372093 1.4687338501292
#> result.7.5 0.104347826086957 0.129930394431555 1.24516627996906
#> result.1.6 0.130057803468208 0.118421052631579 0.910526315789474
#> result.2.6 0.136231884057971 0.0982211910286156 0.72098533840154
#> result.3.6 0.119186046511628 0.0935085007727975 0.784559128435179
#> result.4.6 0.144508670520231 0.114551083591331 0.792693498452012
#> result.5.6 0.126074498567335 0.100853374709077 0.799950631215178
#> result.6.6 0.144508670520231 0.123839009287926 0.856965944272446
#> result.1.7 0.122448979591837 0.106563706563707 0.87027027027027
#> result.2.7 0.0701754385964912 0.111111111111111 1.58333333333333
#> result.3.7 0.113372093023256 0.122874806800618 1.08381880870289
#> result.4.7 0.069164265129683 0.11154144074361 1.61270333075136
#> result.5.7 0.0872093023255814 0.125193199381762 1.4355486862442
#> result.1.8 0.0703812316715543 0.0185042405551272 0.262914417887433
#> result.2.8 0.0612244897959184 0.0208494208494209 0.340540540540541
#> result.3.8 0.104046242774566 0.0417956656346749 0.401702786377709
#> result.4.8 0.113702623906706 0.0996138996138996 0.876091476091476
#> result.1.9 0.0964912280701754 0.0393518518518519 0.407828282828283
#> result.2.9 0.0347826086956522 0.0417633410672854 1.20069605568445
#> result.3.9 0.043859649122807 0.104166666666667 2.375
#> result.1.10 0.0951008645533141 0.0441518202943455 0.464263080064784
#> result.2.10 0.104651162790698 0.115919629057187 1.10767645543534
#> result.12.1 0.0432276657060519 0.104570100697134 2.41905499612703
#> ds dn dn/ds
#> result.1 0.0545695157118212 0.0283052459871352 0.518700699793888
#> result.2 0.026551445288187 0.0911703470876381 3.43372445823884
#> result.3 0.0270299523623977 0.0959537646568416 3.54990505977829
#> result.4 0.0458858673563109 0.127915513677956 2.78768869474935
#> result.5 0.0449236061858017 0.117741219733924 2.62092093067847
#> result.6 0.108999740568461 0.160668709585171 1.47402836692312
#> result.7 0.0638683562552301 0.145244792123914 2.27412760622002
#> result.8 0.0736788296875599 0.131206087122249 1.7807840824649
#> result.9 0.0935791594009808 0.12560604303091 1.34224376276662
#> result.10 0.0450585929574625 0.134081795349486 2.97572086807206
#> result.11 0.0823998581838992 0.151277415057255 1.8358941191335
#> result.12 0.0831620246840571 0.191636389628777 2.30437378547273
#> result.1.1 0.026551445288187 0.112429520622234 4.23440303915417
#> result.2.1 0.0270299523623977 0.106526626973117 3.94105862803185
#> result.3.1 0.0458858673563109 0.138934995654973 3.02783849711548
#> result.4.1 0.0449236061858017 0.139761149994027 3.1110848362436
#> result.5.1 0.0990106916882497 0.175180610249359 1.76931003371779
#> result.6.1 0.0638683562552301 0.145244792123914 2.27412760622002
#> result.7.1 0.113423227292943 0.142317401461104 1.25474653523599
#> result.8.1 0.0935791594009808 0.136625525007927 1.45999949008406
#> result.9.1 0.10296515533144 0.145244792123914 1.4106208227082
#> result.10.1 0.0823998581838992 0.174356159057321 2.11597644583555
#> result.11.1 0.0831620246840571 0.191636389628777 2.30437378547273
#> result.1.2 0 0.0677880461012017 <NA>
#> result.2.2 0.0454684663623261 0.0804341477651982 1.76900947404383
#> result.3.2 0.0174935044248067 0.0939498205495953 5.37055459375937
#> result.4.2 0.069187300238414 0.121775206698307 1.76008033669011
#> result.5.2 0.0446560452682624 0.12339316262594 2.76319055762057
#> result.6.2 0.0924244803179611 0.0990720883078883 1.07192475377798
#> result.7.2 0.073228852172937 0.0937178136336677 1.27979356295718
#> result.8.2 0.0823998581838992 0.11793859312913 1.4312960692956
#> result.9.2 0.0627230993043084 0.0967483064333858 1.54246693014961
#> result.10.2 0.0727843418621031 0.154123718283669 2.11753949188235
#> result.1.3 0.0181827087074946 0.0474842095607451 2.6115036172346
#> result.2.3 0.0178049904773047 0.12560604303091 7.05454143269636
#> result.3.3 0.0704599406264042 0.126624521256008 1.79711365252779
#> result.4.3 0.0454684663623261 0.133742547577616 2.94143520284711
#> result.5.3 0.0842004764033108 0.101221565066322 1.20214955294888
#> result.6.3 0.0648551985028701 0.101138208126399 1.55944643546073
#> result.7.3 0.0741343759774745 0.120056036386316 1.61943814597961
#> result.8.3 0.0638683562552301 0.112242217679564 1.75739950517942
#> result.9.3 0.0741343759774745 0.136510078393206 1.84138702988051
#> result.1.4 0.0646553964009121 0.139170038559349 2.15248913944305
#> result.2.4 0.121024643713475 0.15144523277581 1.25135863348919
#> result.3.4 0.0745955951479785 0.141835352045924 1.90139044758017
#> result.4.4 0.125695312562783 0.122465898420489 0.97430760084485
#> result.5.4 0.105268018271192 0.122363730514676 1.16240176764268
#> result.6.4 0.104599596108253 0.139052417498522 1.32937814936315
#> result.7.4 0.0935791594009808 0.131095546037613 1.40090536051811
#> result.8.4 0.0944643067332107 0.130765040358583 1.38427989238194
#> result.1.5 0.04147157058216 0.135464176341989 3.2664346789958
#> result.2.5 0.0634819823655594 0.139879977105869 2.20345949974237
#> result.3.5 0.122915891328837 0.101640422515845 0.826910348344833
#> result.4.5 0.0831620246840571 0.112242217679564 1.34968115682592
#> result.5.5 0.112359208671495 0.109738934776993 0.976679491378732
#> result.6.5 0.081899468973744 0.123601135780343 1.50918116233414
#> result.7.5 0.112359208671495 0.142681100810109 1.26986566118729
#> result.1.6 0.142835223178404 0.128887692694994 0.902352303773218
#> result.2.6 0.150342008285561 0.10527596415443 0.700243167927274
#> result.3.6 0.129796673535868 0.0998725961228087 0.769454204041751
#> result.4.6 0.160524722432813 0.124306126828754 0.774373722283066
#> result.5.6 0.138031675513526 0.108310942796978 0.784681794189803
#> result.6.6 0.160524722432813 0.135349271124206 0.843167763027005
#> result.1.7 0.133686173554739 0.114937638370506 0.859757111108007
#> result.2.7 0.0736788296875599 0.120256987556385 1.63217830774922
#> result.3.7 0.122915891328837 0.134195261740814 1.09176494829136
#> result.4.7 0.0725641058409195 0.120762327332266 1.66421574320794
#> result.5.7 0.0927104669753825 0.136973042693928 1.47742803118766
#> result.1.8 0.0739059002893285 0.0187363373661175 0.253516123784002
#> result.2.8 0.0638683562552301 0.0211447050669682 0.331066999477331
#> result.3.8 0.11200896641424 0.0430054099614337 0.383946136976105
#> result.4.8 0.123305384995836 0.106880264546396 0.866793161953194
#> result.1.9 0.103287937917901 0.0404218261538492 0.391350887322186
#> result.2.9 0.0356149996994909 0.0429711784958646 1.2065472092782
#> result.3.9 0.0451943936386476 0.112148800478223 2.48147594090785
#> result.1.10 0.101693980828118 0.0455047763039953 0.447467745223851
#> result.2.10 0.112711652287003 0.12592311905919 1.11721473782094
#> result.12.1 0.0445234567872044 0.112617450905259 2.52939594163822
## define three unaligned cds sequences
cds1 <- Biostrings::DNAString("ATGCAACATTGC")
cds2 <- Biostrings::DNAString("ATGCATTGC")
cds3 <- Biostrings::DNAString("ATGCAATGC")
cds_sequences <- Biostrings::DNAStringSet(list(cds1, cds2, cds3))
names(cds_sequences) <- c("cds1", "cds2", "cds3")
## set isMSA to FALSE to automatically create pairwise codon alignments
#dnastring2kaks(cds_sequences, model="Li", isMSA=FALSE)
cds_sequences |> dnastring2kaks(model="Li", isMSA=FALSE)
#> Comp1 Comp2 seq1 seq2 ka ks vka vks
#> result.1 1 2 cds1 cds2 0 9.999999 0 9.999999
#> result.2 1 3 cds1 cds3 0 9.999999 0 9.999999
#> result.2.1 2 3 cds2 cds3 9.999999 9.999999 9.999999 9.999999