calculates pairwise distances using a score matrix
rcpp_distSTRING(dnavector, scoreMatrix, ncores = 1L, symmetric = 1L)StringVector [mandatory]
NumericMatrix [mandatory]
number of cores [default: 1]
symmetric score matrix [default: 1]
list
## load example sequence data
data("hiv", package="MSA2dist")
rcpp_distSTRING(dnavector=as.character(hiv), scoreMatrix=iupacMatrix())
#>
Computing: [========================================] 100% (done)
#> $distSTRING
#> U68496 U68497 U68498 U68499 U68500 U68501
#> U68496 0.00000000 0.03296703 0.07326007 0.07692308 0.10256410 0.09523810
#> U68497 0.03296703 0.00000000 0.08791209 0.08424908 0.10989011 0.10989011
#> U68498 0.07326007 0.08791209 0.00000000 0.05128205 0.06959707 0.07326007
#> U68499 0.07692308 0.08424908 0.05128205 0.00000000 0.04029304 0.09523810
#> U68500 0.10256410 0.10989011 0.06959707 0.04029304 0.00000000 0.11355311
#> U68501 0.09523810 0.10989011 0.07326007 0.09523810 0.11355311 0.00000000
#> U68502 0.13553114 0.14285714 0.10256410 0.10622711 0.13186813 0.10622711
#> U68503 0.11721612 0.11721612 0.09890110 0.10622711 0.11721612 0.11355311
#> U68504 0.10989011 0.12454212 0.09157509 0.09157509 0.11355311 0.09890110
#> U68505 0.10989011 0.11721612 0.08424908 0.08791209 0.10989011 0.09890110
#> U68506 0.10622711 0.12454212 0.10256410 0.10256410 0.12087912 0.10256410
#> U68507 0.12454212 0.13919414 0.08424908 0.09523810 0.11355311 0.10622711
#> U68508 0.15018315 0.15018315 0.12454212 0.11355311 0.11355311 0.12454212
#> U68502 U68503 U68504 U68505 U68506 U68507
#> U68496 0.1355311 0.1172161 0.10989011 0.10989011 0.10622711 0.12454212
#> U68497 0.1428571 0.1172161 0.12454212 0.11721612 0.12454212 0.13919414
#> U68498 0.1025641 0.0989011 0.09157509 0.08424908 0.10256410 0.08424908
#> U68499 0.1062271 0.1062271 0.09157509 0.08791209 0.10256410 0.09523810
#> U68500 0.1318681 0.1172161 0.11355311 0.10989011 0.12087912 0.11355311
#> U68501 0.1062271 0.1135531 0.09890110 0.09890110 0.10256410 0.10622711
#> U68502 0.0000000 0.1208791 0.10622711 0.09890110 0.12087912 0.10622711
#> U68503 0.1208791 0.0000000 0.10989011 0.10256410 0.12087912 0.10256410
#> U68504 0.1062271 0.1098901 0.00000000 0.02930403 0.02930403 0.05494505
#> U68505 0.0989011 0.1025641 0.02930403 0.00000000 0.05128205 0.04029304
#> U68506 0.1208791 0.1208791 0.02930403 0.05128205 0.00000000 0.05494505
#> U68507 0.1062271 0.1025641 0.05494505 0.04029304 0.05494505 0.00000000
#> U68508 0.1282051 0.1172161 0.10256410 0.09157509 0.11355311 0.09157509
#> U68508
#> U68496 0.15018315
#> U68497 0.15018315
#> U68498 0.12454212
#> U68499 0.11355311
#> U68500 0.11355311
#> U68501 0.12454212
#> U68502 0.12820513
#> U68503 0.11721612
#> U68504 0.10256410
#> U68505 0.09157509
#> U68506 0.11355311
#> U68507 0.09157509
#> U68508 0.00000000
#>
#> $sitesUsed
#> U68496 U68497 U68498 U68499 U68500 U68501 U68502 U68503 U68504 U68505
#> U68496 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68497 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68498 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68499 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68500 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68501 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68502 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68503 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68504 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68505 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68506 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68507 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68508 273 273 273 273 273 273 273 273 273 273
#> U68506 U68507 U68508
#> U68496 273 273 273
#> U68497 273 273 273
#> U68498 273 273 273
#> U68499 273 273 273
#> U68500 273 273 273
#> U68501 273 273 273
#> U68502 273 273 273
#> U68503 273 273 273
#> U68504 273 273 273
#> U68505 273 273 273
#> U68506 273 273 273
#> U68507 273 273 273
#> U68508 273 273 273
#>